С 2017 года за непредставление (несвоевременное представление) плательщиком НДС в налоговый орган, предусмотренных пунктом 3 статьи 88 НК РФ, пояснений в случае непредставления в установленный срок уточненной налоговой декларации предусмотрена ответственность в виде штрафа в размере 5 тыс. рублей.

В силу дополнения абз. 4 пункта 3 статьи 88 НК РФ на требования налогового органа о представлении пояснений к налоговой декларации по НДС в виде XML-файла по выявленным противоречиям и несоответствиям, налогоплательщики обязаны представлять пояснения в электронной форме по ТКС по формату, утвержденному  приказом ФНС России от 16.12.2016 г. № ММВ-7-15/682@.

При этом пояснения, представленные на бумажном носителе, не считаются  представленными.

До 1 апреля 2017 года налоговой службой учтен переходный период для налогоплательщиков и разработчиков (поставщиков) бухгалтерских учетных систем в части реализации функциональной возможности. Однако в отношении пояснений, представленных (непредставленных в срок) после 1 апреля 2017 года к налогоплательщикам будут применены нормы пункта 1 статьи 129.1 НК РФ.